哺乳類・鳥類
哺乳類は5種（鯨類を除く）を確認している。さらにネズミ類・小型コウモリが発見される可能性がある。鳥類は32種を確認している。しかし調査が不十分であり、今後大幅に種数が増えると考えられる。
 ノヤギ：以前は数百頭が野生化していた。近年は激減し数頭のみ。（2005/4/30 宮里） |
 ヤエヤマオオコウモリ：普通に確認される。夜行性。手を広げると80cmに達する。（2005/8/24宮里) |
 ヤエヤマオオコウモリ：植物を餌とする。写真はアカメイヌビワの果実を食べている。（2006/10/04伊古） | ||||||||
 クマネズミ：黒島で最も普通に見られるネズミ類。外来種（2007/11/25宮里） |
 クマネズミ：八重山ではレプトスピラという感染症の媒介になる。尾を含めない体長は14-22cm |
 ジャコウネズミ：2007/7/14 仲原で1個体が確認されている。 | ||||||||
 ハシボソミズナギドリ：2005/6/28保里で1個体が保護された。体力を回復させ放鳥 |
 ズグロミゾゴイ：普通に確認される。写真は幼鳥（2005/7/11宮里) |
 ムラサキサギ：やや稀に観察される。草地での確認が多い（2007/2/7 伊古）★ | ||||||||
 アオバズク：やや稀に鳴声が聞こえる。写真は保護された個体。体力を回復し放鳥（2005/12/26宮里） |
 ズアカアオバト：電線や高い木の上に多い。普通に観察される（2005.5.18宮里）★ |
 アカショウビン：4-9月頃に普通に見られる。民謡に登場するなど親しまれている（2005/6/11宮里)。★ | ||||||||
 シマアカモズ：草地で普通に見られる。（2005/9/3宮里) |
 リュウキュウハシブトガラス：最も良く見られる鳥類。観光客の荷物を襲うことがある（2005/6/3宮里)。★ |
 インドクジャク：普通に見られる。外来種（2005/12/1)。● | ||||||||
その他の哺乳類・鳥類
ノネコ：ペットが野生化している。島内で普通に観察される
ベニアジサシ：海岸で見られる。普通に見られるが、エリグロアジサシより少ない
エリグロアジサシ：海岸で普通に観察される。夏場に繁殖している ★
アカガシラサギ：2008年2月に2羽が宮里の草地で確認された
アマサギ：11-4月に草地で普通に観察される。牛の周囲に多い
コサギ：2005/8/8、台風後に1羽が保護されたが死亡した ★
クロサギ：海岸で普通に観察される
オオクイナ：稀に観察される ★
シロハラクイナ：普通に観察される ★ ●
シロチドリ：海岸で観察される
ムナグロ：冬季に普通に観察される。交通事故が多い ★
キョウジョシギ：2008/7/27、台風後に1羽が保護されたが死亡した ★
サシバ：冬季に普通に観察される ★
キジバト：草地や道路沿いで観察される
ヒメアマツバメ：2008年6月、仲本海岸で一羽が保護された ★
ヤツガシラ：2005/8/2、宮里で１羽を観察した
リュウキュウサンショウクイ：林で観察される
ヒヨドリ：普通に観察される ★
ツバメ：秋に普通に観察される ★
トラツグミ：集落内で観察される ★
シロハラ：冬季に普通に観察される
セッカ：草地で普通に観察される
サンコウチョウ：夏に林で稀に観察される
メジロ：草地・林で普通に観察される
スズメ：集落内で普通に観察される
2005年以前に確認されている種
ホロホロチョウ：聞き取りによれば20年前ほどに野生化したが、現在は見られない
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